Климата во  целиот Преспански регион е умерено-континентална, со медитеранско влијание преку клисурата Грло на југозапад од Малото Преспанско Езеро и преку планинскиот превој Превтис на југозападниот дел од Мала Преспа. Се карактеризира со топли лета во кои ноќите се свежи и со благи зими. Просечната годишна релативна влажност на воздухот изнесува 64%.

Водата на Преспанското Езеро во одредена мерка се јавува како климатски модификатор на својата околина. Езерото кое се наоѓа на надморска височина од 850 м претставува терморегулатор за околниот воздух, посебно на температурата на воздухот во зимските месеци, особено во декември и јануари.

Преодот од зимата кон летото е нешто побрз заради што пролетта е послабо изразена годишна сезона во однос на есента, што секако претставува важна карактеристика од интерес за претсојот на туристите во текот на есенските месеци во кои што во општината Ресен се организираат значајни манифестации како што е Јаболкоберот кој се одржува на крајот од месец септември.

Просечната годишна температура изнесува 10,2 °С, со најтопол месец јули со просечна месечна температура од 21 °С, минимална вредност од 0,3 °С  во месец  Jануари.

Преспанската Котлина се одликува со долготрајно сончево зрачење со просечна годишна сума од 1 400 до 2 600 часови.

Во однос на  ветровите и струењето на воздухот присутни се локалните ветрови  со режим условен од езерото поради нееднаквото загревање на воздухот над копното и над езерската шир заради што се зголемува општата зачестеност на ветровите во ова подрачје.

Маглата во Преспанското подрачје е ретка појава, главно поради честото проветрување и присуство на големите езерски водени површини.